El Centro de Salud Guachavés E.S.E. se estructura bajo un modelo de gestión orientado a garantizar la calidad, eficiencia y humanización en la prestación de servicios de salud a la comunidad. Su organización jerárquica y funcional se compone de la Junta Directiva y la Gerencia como máximas instancias de dirección, respaldadas por las áreas de Planeación y Control de Gestión, Dirección Jurídica y Comunicaciones. Asimismo, la entidad opera de manera articulada a través de la Subgerencia de Prestación de Servicios —la cual concentra los procesos asistenciales, de urgencias y clínicos— y la Subgerencia Administrativa y Financiera, encargada del soporte operativo, el talento humano y la infraestructura tecnológica de la institución.